نام اصلی اش محمد قاسم بوده و نام پدرش ملامظفر(گاهنامه سال1307)در گناباد متولد شده و معاصر شاه عباس بزرگ صفوی و از مشاهیر و دانشمندان مشهور علم ریاضی،نجوم و حکمت قدیم بود.وی باشیخ بهایی معاصر بوده است با دو پسرش به نامهای محمد تقی و میرزا شفیع و هم چنین ملا جلال الدین محمد یزدی از منجمان دربار شاه عباس اول بوده اند.در سیاحت نامه شاردن آمده است که
:((همه اختر شماران و منجمین ایرانی دست کم بزرگ آنان از ایالات خراسان از بلده کوچک گناباد ازیک خانواده مشهوری که اختر شماران بزرگی از آن برخاسته اند، بودند دانشمندان فلکی ایران طی شش هفت قرن اخیر همگی ازسرزمین خراسان بوده اند. و شاه جزء اختر شمارانی که در گناباد زاییده و پرورش یافته باشند کسی دیگر را به خدمت نمی پذیرند.در بلده ی مزبور یک مدرسه هیئت و نجوم وجود دارد.(این مدرسه با نام مدرسه نجومیه هم اکنون در جنب مسجد جامع شهر وجود دارد.و در زمره ی آثار میراث فرهنگی است.)
استادان علوم فلکی فرزندان خود را از تمام اکناف و اطراف ایران برای آموزش به آنجا اعزام میدارند و مدعی هستند که موجبات توسعه،ترقّی علوم فلکی در خراسان همان صفای زیاد و خشکی بیش از حد آن سامان است.دانشوران خراسان تاریخ وفاتش را سال(1071ﻫ ق)ذکر کرده و درسال 1030ﻫ ق ملا مظفر از احوال کواکب و ضعف حال مشتری و بودن مریخ دربرج عقرب استنباط کرد که یکی از علمای بزرگ زمان خواهد مرد و شکستی بر مذهب وارد خواهد شد و خبر مرگ شیخ بهاءالدین عاملی داد و اتفاقاً همان طور هم شد و این پیشگویی را از کتاب تنبیهات او نقل کرده اند.))
کاروان هند به نقل ازتقی اوجدی نوشته است که:((مظفر خیل پاک نهادی،منصور سپاه رندی و نامرادی مظفر گنابادی ، در بیشه ی معانی غضنفر و بر سپاه بیان مظفر است. در این ازمنه(حدود1024ﻫ ق)در آگره هند او را دیدم که از دیانت خان مستفیض شده و به وطن مراجعت می نمودند مثنوی فرهاد و شیرینی گفته که بیتها و معنی های خوب دارد .خوشمزه گویی های بسیار می کند.))
چون شاه عباس به عقاید منجمین و طالع بینان و اخباری که از آنان می شنید اعتقاد تام داشت از این رو در بیشتر کارهای مهم با آنان مشورت می کرد از جمله در چندین مورد از نظریات ملامظفر پیروی نمود.که چند نمونه به طور خلاصه از کتاب زندگی نامه شاه عباس مجلد2 ذکر می شود
هنگامی ک شاه عباس در سال 1027ﻫ ق در آذربایجان با خلیل پاشا سردار عثمانی در جنگ بود چون در برابر یکصد و پنجاه هزار نفر سوار ترک بیش از چهل سوار نداشت.به سرداران خود دستور دادکه از جنگ احتراز و از دشمن عقب نشینی نکنند.حتی چون خبر رسید که سردار ترک می خواهد بر قوای ایران شبیخون زده به طرف اردبیل پیش آید،شاه عباس دستور داد که حرم و بار و بنه را به مازندران بفرستد و اردبیل را خالی کنند.
ولی جمعی از ندیمان و وزیرانش اورا از این کار به مدت نه ماه باز داشتند.
در همان حال ملا مظفر جنابذی و پسرش محمد شفیع ، که هر دو از منجمان مخصوص شاه بودند،به او مژده دادند که احوال ستارگان حاکی ازپیروزی شاه قزلباش است.سپاه نیز باور کرد و آن دو را به اردوی قرجفای خان سپه سالار ایران فرستاد .تا در آنجا ساعت مناسب جنگ را با اسطرلاب معین کنند و سردار را فقط در آن ساعت اجازه جنگ دهند. و تا ساعت محقق نگردد سربازان را از محاربه باز دارند.و اتفاقاً سپاه ایران بر سربازان پیروز شدند.))
پیش گویی ملا مظفر به نقل جلد دوم زندگی نامه شاه عباس این است که((در سال1034ﻫ ق چون قرآن نخستین در برج جدی واقع شد و این دلالت دارد که بر حاکم و عامل آن شهرهایی که به این برج منسوب است آسیبی خواهد رسید ملا مظفر نهانی در سفر به آذربایجان به شاه اطلاع داد که نورالدین محمد جهانگیر(شاه سلیم)پادشاه هند در آن سال خواهد مرد،پس از اندک زمانی خبر مرگ وی به ایران رسید)).
تألیفات ملامظفر
1-تنبیهات المنجمین:مشتمل بر یک مقدمه و شش باب و خاتمه است.در دهم صفر سال1024ﻫ ق خاتمه یافت در احکام نجومی برای شاه تألبف کرده و در سال 1284ﻫ ق چاپ سنگی شده است.( و اعیان الشیعه و ریحانة الادب)این کتاب به صورت خطی در کتابخانه ملا محمد علی خوانساری در نجف موجود است.(الذریعه).
2-شرح بیست باب،نظام الدین عبدالعلی بن محمد بیرجندی(مستوفی924ﻫ ق) که حکیم و منجم معروف قرن خود بوده است این کتاب از مهمترین کتب نجومی درباره ی تقویم رقمی و علم نجومی است که برتبحّر مؤلّف آن دلالت می کند برای شاه عباس تدوین نموده و شیخ بهایی در پشت کاب تفریضی مشتمل بر تمجید از شرح و شارع در سال1023ﻫ ق نوشته است و در سال 1298ﻫ ق در قمک چاپ سنگی شده است و به بیست باب ملامظفر معروف است.
3-منتخب التنبیهات،که خلاصه تنبیهات منجّمین می باشد در اول این کتاب نام و نسب خود را ذکر نموده موجود است.(الذریعه)
این کتاب در کتابخانه ی حاج علی نجف آبادی که وقف حسینیه ی تستریه نجف اشرف نموده است.
4-حاتمیّه،در بیان خطّ نصف النّهار و معرفت سمت قبله و به همین جهت آن را قبله الافاق گویند و آن را به نام خواجه ناصر الدولۀ والد حاتم بیک که از اکابر و ارکان دولت و وزیر شاه عباس بوده تألیف نموده است(ریحانة الادب،دایرة المعارف اسلامیه)
5-اختیارات النّجوم،بخشی از مقدمه کتاب تنبیهات المنجمین:
((سپاس و ستایش مالک الملکی را سزاست که نظریه شفقت و مرحمت سیّاحان عالم خاک را به سیّاحان محیط افلاک آشنا و مربوط ساخت و انتقادات اجرام علوی را باعث امتزاجاتِ اجسام سفلی کرد))